Σημαντικό ρόλο στη διακυβέρνηση και υποστήριξη του εκπαιδευτικού συστήματος διαδραματίζουν φορείς όπως το Ινστιτούτο Εκπαιδευτικής Πολιτικής (Ι.Ε.Π.), το Ινστιτούτο Τεχνολογίας Υπολογιστών και Εκδόσεων «Διόφαντος», ο Εθνικός Οργανισμός Πιστοποίησης Προσόντων και Επαγγελματικού Προσανατολισμού (Ε.Ο.Π.Π.Ε.Π.), το Ίδρυμα Νεολαίας και Διά Βίου Μάθησης (Ι.ΝΕ.ΔΙ.ΒΙ.Μ.), το Ίδρυμα Κρατικών Υποτροφιών (Ι.Κ.Υ.), οι οποίοι εποπτεύονται από το Υ.ΠΑΙ.Θ.Α. καθώς και η ανεξάρτητη αρχή «Αρχή Διασφάλισης της Ποιότητας στην Πρωτοβάθμια και Δευτεροβάθμια Εκπαίδευση» (Α.ΔΙ.Π.Π.Δ.Ε.).
Οι φορείς που υποστηρίζουν το υφιστάμενο σύστημα διακυβέρνησης είναι:
⮚ Ινστιτούτο Εκπαιδευτικής Πολιτικής (Ι.Ε.Π.) (ν. 3966/2011, ΦΕΚ Α΄ 118/24-05-2011): Επιτελικός επιστημονικός φορέας που υποστηρίζει το Υ.ΠΑΙ.Θ.A. και τους εποπτευόμενους φορείς του στα θέματα που αφορούν την πρωτοβάθμια και δευτεροβάθμια εκπαίδευση (προγράμματα σπουδών, προγραμματισμός και αποτίμηση εκπαιδευτικού έργου, σχολικά βιβλία, διδακτικό υλικό σε έντυπη και ψηφιακή μορφή, αξιολόγηση εκπαιδευτικών και διοικητικών δομών), τη μεταλυκειακή εκπαίδευση, τη μετάβαση από τη δευτεροβάθμια στην τριτοβάθμια εκπαίδευση, την επιμόρφωση των εκπαιδευτικών και την αντιμετώπιση της μαθητικής διαρροής και της πρόωρης εγκατάλειψης του σχολείου, με στόχο τη διασφάλιση του δικαιώματος όλων των παιδιών στην εκπαίδευση.
⮚ Ινστιτούτο Τεχνολογίας Υπολογιστών και Εκδόσεων (Ι.Τ.Υ.Ε.) «Διόφαντος» (ν. 3966/2011, ΦΕΚ Α΄ 118/24-05-2011): Αρμόδιος φορέας για την αποτελεσματική αξιοποίηση των Τεχνολογιών της Πληροφορίας και των Επικοινωνιών (Τ.Π.Ε.) στον τομέα της εκπαίδευσης, με έμφαση στην ανάπτυξη και εφαρμογή των συμβατικών και ψηφιακών μέσων στην εκπαίδευση και τη διά βίου μάθηση, την έκδοση έντυπου και ηλεκτρονικού εκπαιδευτικού υλικού, τη διοίκηση και διαχείριση του Πανελλήνιου Σχολικού Δικτύου (Π.Σ.Δ.), καθώς και την ανάπτυξη και υποστήριξη λειτουργίας κρίσιμων πληροφοριακών υποδομών του Υ.ΠΑΙ.Θ.Α. και όλων των εκπαιδευτικών μονάδων.Επίσης, ενδεικτικά και όχι περιοριστικά, είναι αρμόδιο για τον σχεδιασμό και την ανάπτυξη τεχνολογικών προϊόντων και υπηρεσιών και τη μεταφορά τεχνογνωσίας για τη μετάβαση της παιδείας και της κοινωνίας στην ψηφιακή εποχή, την παροχή υπηρεσιών κατάρτισης, διαρκούς επιμόρφωσης και διά βίου μάθησης με την αξιοποίηση των Τ.Π.Ε., καθώς και την πιστοποίηση ψηφιακών γνώσεων και δεξιοτήτων και την ενθάρρυνση και προώθηση της καινοτομίας στην εκπαίδευση.
⮚ Εθνικός Οργανισμός Πιστοποίησης Προσόντων και Επαγγελματικού Προσανατολισμού (Ε.Ο.Π.Π.Ε.Π.) (Πιστοποίηση Επαγγελματικών Περιγραμμάτων/Πιστοποίηση Προγραμμάτων/Εθνικό Πλαίσιο Προσόντων/Ισοτιμίες και Επαγγελματικά Δικαιώματα/Πιστοποίηση Προσόντων/Επαγγελματικός Προσανατολισμός και Συμβουλευτική). Ο Ε.Ο.Π.Π.Ε.Π. αποτελεί τον εθνικό φορέα πιστοποίησης των εισροών και εκροών της μη τυπικής εκπαίδευσης και της άτυπης μάθησης και λειτουργεί ως εθνική δομή των Ευρωπαϊκών Δικτύων που διαχειρίζονται θέματα προσόντων και ευρωπαϊκών εργαλείων διαφάνειας και κινητικότητας, όπως το Εθνικό Σημείο Συντονισμού του Ευρωπαϊκού Πλαισίου Προσόντων, το Εθνικό Κέντρο Ευρωδιαβατηρίου, το Ελληνικό Εθνικό Κέντρο Πληροφόρησης για τον Επαγγελματικό Προσανατολισμό, το Ευρωπαϊκό Δίκτυο Euroguidance και αποτελεί το Εθνικό Σημείο Αναφοράς στο Ευρωπαϊκό Δίκτυο για τη Διασφάλιση της Ποιότητας στην Επαγγελματική Εκπαίδευση και Κατάρτιση (EQAVET) και το Ευρωπαϊκό Σύστημα Ακαδημαϊκών Μονάδων για την Επαγγελματική Εκπαίδευση και Κατάρτιση (ECVET).
⮚ Ίδρυμα Νεολαίας και Διά Βίου Μάθησης (Ι.ΝΕ.ΔΙ.ΒΙ.Μ.) (άρθ. 2, ν. 4115/2013, ΦΕΚ Α΄24/2013, όπως τροποποιήθηκε και ισχύει). Το Ι.ΝΕ.ΔΙ.ΒΙ.Μ. αποτελεί Νομικό Πρόσωπο Ιδιωτικού Δικαίου με κοινωφελή και μη κερδοσκοπικό χαρακτήρα που εποπτεύεται από το Υ.ΠΑΙ.Θ.A.και έχει ως σκοπό την υλοποίηση δράσεων, προγραμμάτων και έργων για: α) τη Διά Βίου Μάθηση κατά την έννοια του ν. 3879/ 2010 (ΦΕΚ Α’ 163/2010), β) τη νέα γενιά, με έμφαση τη στήριξη των νέων στην εκπαιδευτική και επαγγελματική διαδρομή και κινητικότητά τους, την ανάδειξη και τη στήριξη της καινοτομίας και κινητικότητας, γ) τη διαχείριση των θεμάτων που σχετίζονται με οποιονδήποτε τρόπο με τη μαθητική και φοιτητική μέριμνα. Δεν συνδέεται άμεσα με την Πρωτοβάθμια και Δευτεροβάθμια Εκπαίδευση.
⮚ Ίδρυμα Κρατικών Υποτροφιών (Ι.Κ.Υ.) (σύσταση με το Α.Ν. 1825/1951 ως ΝΠΔΔ και μετατροπή σε αποκεντρωμένη δημόσια υπηρεσία του Υ.ΠΑΙ.Θ.Α. με το ΝΔ 4434/1964): Το Ι.Κ.Υ. προβαίνει σε διάγνωση αναγκών, μελετά, σχεδιάζει, προκηρύσσει και υλοποιεί προγράμματα υποτροφιών και παρέχει οικονομικές ενισχύσεις για όλους τους κύκλους σπουδών. Χορηγεί υποτροφίες και συμβάλλει στην ενδυνάμωση της επιστημονικής κοινότητας. Έχει οριστεί ως Εθνική Μονάδα Συντονισμού για τους Τομείς Εκπαίδευσης και Κατάρτισης του Προγράμματος Erasmus+και υλοποιεί και συντονίζει συγχρηματοδοτούμενες δράσεις. Υπό την εποπτεία του Υπουργείου αλλά ως Ανεξάρτητη Αρχή λειτουργεί και η Α.ΔΙ.Π.Π.Δ.Ε.
⮚ Αρχή Διασφάλισης της Ποιότητας στην Πρωτοβάθμια και Δευτεροβάθμια Εκπαίδευση (Α.ΔΙ.Π.Π.Δ.Ε.) (ν. 4142/2013, ΦΕΚ Α’ 83/2013): Έχει διοικητική αυτοτέλεια και εποπτεύεται από τον Υπουργό Παιδείας, Θρησκευμάτων και Αθλητισμού. Αποστολή της Α.ΔΙ.Π.Π.Δ.Ε. είναι η αξιολόγηση της ποιότητας του εκπαιδευτικού συστήματος και η υποστήριξη της εθνικής στρατηγικής για την Πρωτοβάθμια και Δευτεροβάθμια Εκπαίδευση. Η Αρχή συντάσσει ετήσιες εκθέσεις πεπραγμένων και απολογισμού, γνωμοδοτεί ή εισηγείται για θέματα της αρμοδιότητάς της, και διασφαλίζει τη διαφάνεια στις διαδικασίες αξιολόγησης του εκπαιδευτικού συστήματος και των στελεχών εκπαίδευσης.Σε συνεργασία με το ΙΕΠ, εισηγείται τους θεματικούς άξονες της εσωτερικής αξιολόγησης των σχολικών μονάδων και προτείνει βελτιώσεις στον συλλογικό προγραμματισμό, καθώς και στις διαδικασίες εσωτερικής και εξωτερικής αξιολόγησης. Παράλληλα, υποβάλλει προτάσεις για εξετάσεις διαγνωστικού χαρακτήρα, ενώ συντάσσει ανά τετραετία εκθέσεις μεταξιολόγησης για τη λειτουργία των Πρότυπων και Πειραματικών Σχολείων, και ετησίως έκθεση μεταξιολόγησης για την αξιολόγηση στελεχών εκπαίδευσης, εκπαιδευτικών και μελών Ε.Ε.Π. και Ε.Β.Π., την οποία υποβάλλει στον Υπουργό Παιδείας (v. 4823/2021).
Για τον συντονισμό του έργου λειτουργούν εντός του Υ.ΠΑΙ.Θ.Α. οι κάτωθι:
⮚ Ομάδα Διατομεακού Συντονισμού Υ.ΠΑΙ.Θ.Α. (Υ.Α. 110/12-01-2024, ΦΕΚ Β΄275): Η Ομάδα Διατομεακού Συντονισμού συντονίζει την εκπόνηση και παρακολουθεί την υλοποίηση του Εθνικού Στρατηγικού Πλαισίου Πολιτικής για την Εκπαίδευση, την Κατάρτιση και τη Διά Βίου Μάθηση, το οποίο περιλαμβάνει τρία επιμέρους Στρατηγικά Σχέδια: α)Πρωτοβάθμια, Δευτεροβάθμια Εκπαίδευση και Ειδική Αγωγή, β) Ανώτατη Εκπαίδευση, γ) Επαγγελματική Εκπαίδευση, Κατάρτιση και Διά Βίου Μάθηση. Διασφαλίζει τη συνέργεια μεταξύ όλων των βαθμίδων εκπαίδευσης και του ψηφιακού μετασχηματισμού του εκπαιδευτικού συστήματος εισηγούμενη σχετικά στον Υπουργό. Υποστηρίζεται από την Τεχνική Γραμματεία και την Επιτελική Δομή ΕΣΠΑ- Τομέα Παιδείας. Επιπλέον, παρακολουθεί τη σύνδεση εκπαίδευσης και κατάρτισης με την αγορά εργασίας, αξιολογεί την πορεία υλοποίησης των επιμέρους Στρατηγικών Σχεδίων και προτείνει βελτιώσεις, την ένταξη νέων παρεμβάσεων, δράσεων, έργων και την ενσωμάτωση νέων προτεραιοτήτων ή αναθεωρήσεις του Εθνικού Στρατηγικού Πλαισίου Πολιτικής του Υ.ΠΑΙ.Θ.Α.
⮚ Υπηρεσία Συντονισμού Υ.ΠΑΙ.Θ.Α. (άρθρο 38 του ν. 4622/2019, ΦΕΚ Α’ 133): Μεριμνά για τον συντονισμό όλων των υπηρεσιών του Υπουργείου στη σύνταξη και παρακολούθηση του Ετήσιου Σχεδίου Δράσης (Ε.Σ.Δ.), την υποστήριξη της πολιτικής ηγεσίας και των Γενικών και Ειδικών Γραμματέων κατά τη συμμετοχή τους σε κυβερνητικά όργανα ή υπερεθνικούς και διεθνείς οργανισμούς, καθώς και τον συντονισμό για την έγκαιρη προετοιμασία κειμένων με τις προτεραιότητες του Υπουργείου για το Μεσοπρόθεσμο Πλαίσιο Δημοσιονομικής Στρατηγικής (Μ.Π.Δ.Σ.) και της εισηγητικής έκθεσης για τον κρατικό προϋπολογισμό. Επίσης, επικοινωνεί με το Γενικό Λογιστήριο του Κράτους και την Προεδρία της Κυβέρνησης για τη σύνταξη του ετήσιου Προγράμματος Δράσης του Υπουργείου ( άρθρο 10 του π.δ. 18/2018).
⮚ Επιστημονική Επιτροπή (Αριθμ. 140144/ΓΔ4 ΦΕΚ Β 5815/03.11.2025): Η Επιστημονική Επιτροπή συγκροτήθηκε από είκοσι επτά (27) μέλη- ο αριθμός των μελών δύναται να διευρυνθεί περαιτέρω ανάλογα με τις εκάστοτε ανάγκεςπροσωπικότητες εγνωσμένου κύρους, εν ενεργεία ή συνταξιούχους εκπαιδευτικούς όλων των βαθμίδων εκπαίδευσης, με εμπειρία και εξειδίκευση στα αντικείμενα των μαθημάτων τα οποία θα παρέχονται, καθώς και υπαλλήλους του Υπουργείου Παιδείας, Θρησκευμάτων και Αθλητισμού ή εποπτευομένων φορέων αυτού ή μελών Διδακτικού Ερευνητικού Προσωπικού (Δ.Ε.Π.), με εμπειρία ή εξειδικευμένη γνώση σε ψηφιακά εκπαιδευτικά εργαλεία ή εν γένει σε ζητήματα σχεδιασμού μαθημάτων και εφαρμογών τεχνολογίας, που διαθέτουν τα αναγκαία τυπικά και ουσιαστικά προσόντα και γνώση στο επιστημονικό και παιδαγωγικό αντικείμενο των κάτωθι γνωστικών πεδίων:
1. Κοινωνικές Επιστήμες 2. Φυσικές Επιστήμες, Τεχνολογία και Μαθηματικά 3. Ανθρωπιστικές Επιστήμες και Πρώτη Σχολική Ηλικία 4. Τέχνες και Πολιτισμός 5. Επαγγελματική Εκπαίδευση.