Θέση αναφορικά με το ζήτημα του διαχωρισμού Εκκλησίας-Κράτους πήρε ο αρχιεπίσκοπος Αθηνών και πάσης Ελλάδος, Ιερώνυμος. Συγκεκριμένα δήλωσε, κατά την εισήγησή του στην πρώτη τακτική συνεδρία της Ιεράς Συνόδου, ότι η Εκκλησία «δεν γνωρίζει τον όρο "χωρισμός" στην πνευματική της αποστολή, αφού δεν μπορεί να τον εφαρμόσει στην κοινωνία».
«Γι' αυτό, την οριστική απάντηση στο ζήτημα αυτό τη δίνει πάντοτε, "θάττον ή βράδιον" ο ίδιος ο ευλαβής ελληνικός λαός», συμπλήρωσε.
Παράλληλα, ανέφερε ότι η Εκκλησία «δεν χωρίζεται από τα παιδιά της», για να προσθέσει ότι «όποιος θέλει αποχωρεί, όποιος θέλει επιστρέφει».
Κάνοντας ιστορική αναδρομή επεσήμανε ότι δεν θα ήθελε να συνεχισθεί αυτός ο τρόπος λειτουργίας Εκκλησίας και Πολιτείας, εκείνης δηλαδή από το 1834 μέχρι σήμερα. Της καταπιέσεως, της αναγκαστικής σιωπής, της «Βαβυλώνιας αιχμαλωσίας» ή της «υπό πατρωνίαν» διαβιώσεως.
Τέλος, πρότεινε να καθιερωθεί ο τρόπος των «διακριτών ρόλων» που εν μέρει λειτουργεί σήμερα, αλλά συγκεκριμένα των «καθαρών διακριτών ρόλων», με τάση συνεργασίας, όπως το χρειάζεται ο λαός.
