Η δημιουργία των "Ωνάσειων" σχολείων έχει προκαλέσει ανησυχίες σχετικά με τον διαχωρισμό των μαθητών και την ενίσχυση των εκπαιδευτικών ανισοτήτων.
Η εισαγωγή μέσω εξετάσεων αποκλείει μαθητές με χαμηλότερες επιδόσεις ή ειδικές ανάγκες, ενώ παράλληλα υποβαθμίζει τα υπόλοιπα δημόσια σχολεία.
Οι επικριτές τονίζουν ότι η πολιτική αυτή ενισχύει τις κοινωνικές ανισότητες και ζητούν την εισαγωγή χωρίς εξετάσεις, τη διατήρηση των τμημάτων ένταξης και την πρόσληψη εκπαιδευτικών μέσω ΑΣΕΠ, προκειμένου να διασφαλιστεί η ισότητα και η ποιότητα στην εκπαίδευση.
