Η επίδραση του καφέ στα επίπεδα της χοληστερόλης εξαρτάται κυρίως από τον τρόπο παρασκευής του και όχι από την περιεκτικότητά του σε καφεΐνη. Τα έλαια του καφέ περιέχουν τις ουσίες καφεστόλη και καβεόλη, γνωστές ως διτερπένια, οι οποίες μπορούν να αυξήσουν σημαντικά την LDL («κακή») χοληστερόλη στον οργανισμό. Ενώ τα παραδοσιακά χάρτινα φίλτρα καταφέρνουν να παγιδεύουν την πλειονότητα αυτών των ελαίων, οι μέθοδοι που δεν χρησιμοποιούν χάρτινο φίλτρο επιτρέπουν στα διτερπένια να περάσουν ελεύθερα στο τελικό ρόφημα.
Πρόσφατα επιστημονικά δεδομένα, συμπεριλαμβανομένης σουηδικής μελέτης, επιβεβαιώνουν ότι οι αφιλτράριστοι τύποι καφέ –όπως ο βραστός, ο ελληνικός και ο καφές γαλλικής πρέσας– διαθέτουν εξαιρετικά υψηλές συγκεντρώσεις διτερπενίων. Ειδικότερα, ο ελληνικός και ο βραστός καφές παρασκευάζονται με λεπτοαλεσμένους κόκκους που κατακάθονται χωρίς να φιλτραριστούν, καθιστώντας τους ιδιαίτερα επιβαρυντικούς για όσους προσέχουν την καρδιαγγειακή τους υγεία. Αντίστοιχες ανησυχίες προκύπτουν και για ορισμένες επαγγελματικές μηχανές καφέ σε χώρους εργασίας που χρησιμοποιούν μεταλλικά φίλτρα, καθώς και για τον εσπρέσο, αν και στην τελευταία περίπτωση οι μικρές μερίδες περιορίζουν τη συνολική έκθεση.
Η κύρια χημική ουσία που ενοχοποιείται για την αύξηση της χοληστερόλης είναι η καφεστόλη, η οποία προκαλεί μέτρια έως μεγάλη άνοδο της LDL όταν καταναλώνονται μη φιλτραρισμένα παρασκευάσματα. Αντίθετα, ο καφές που παρασκευάζεται με χάρτινο φίλτρο ή ο στιγμιαίος καφές έχουν ελάχιστη έως μηδενική επίδραση στη χοληστερόλη, καθώς η διαδικασία παραγωγής τους απομακρύνει τα βλαβερρά έλαια. Αυτό αποδεικνύει ότι η αφαίρεση των ελαίων έχει καθοριστική σημασία, ενώ η ύπαρξη ή η απουσία καφεΐνης δεν παίζει κανένα απολύτως αποτρεπτικό ρόλο, αφού η καφεστόλη υπάρχει εξίσου και στα ντεκαφεϊνέ ροφήματα.
Για τα άτομα που αντιμετωπίζουν πρόβλημα υψηλής χοληστερόλης και επιθυμούν να προστατεύσουν την καρδιά τους χωρίς να στερηθούν την αγαπημένη τους συνήθεια, η αλλαγή της μεθόδου παρασκευής αποτελεί ένα αποτελεσματικό πρώτο βήμα. Η προτίμηση σε φίλτρα χαρτιού έναντι των μεταλλικών πλεγμάτων και η επιλογή φιλτραρισμένου ή στιγμιαίου καφέ μπορούν να περιορίσουν δραστικά την πρόσληψη διτερπενίων, λειτουργώντας συμπληρωματικά και όχι ως υποκατάστατο της προβλεπόμενης ιατρικής αγωγής.