Το 1531, ο Ισπανός εξερευνητής και κατακτητής Francisco Pizarro, αποβιβάστηκε ξανά κοντά στον Ισημερινό και μετά από μια σύντομη αναστάτωση με τους Πουνιανούς ιθαγενείς, συνέχισε την πορεία του προς το εσωτερικό του Περού, καταλαμβάνοντας εδάφη και αποκτώντας χρυσό και άλλα πολύτιμα υλικά. Στον Μάιο του 1532, ίδρυσε τον πρώτο ισπανικό οικισμό στην περιοχή, το San Miguel de Piura.
Αφήνοντας 50 άντρες πίσω στον οικισμό, ο Pizarro προχώρησε με 200 άνδρες και στις 24 Σεπτεμβρίου 1532 κατευθύνθηκε προς το Cajamarca, στην περιοχή του βόρειου Περού. Εκεί, ο ηγεμόνας των Ινκας, Atahualpa, αρνήθηκε να υποταχθεί στους Ισπανούς και να αποδεχτεί την υπεροχή του Ισπανικού αυτοκράτορα. Η άρνησή του οδήγησε στην ιστορική Μάχη της Cajamarca, που έλαβε χώρα στις 16 Νοεμβρίου 1532.
Η μάχη, παρά τη μεγάλη αριθμητική υπεροχή των Ινκας, ήταν καταστροφική για τους ιθαγενείς. Ο Pizarro, έχοντας στην κατοχή του σύγχρονο οπλισμό και την υποστήριξη ιππικού, αιχμαλώτισε τον Atahualpa και επέβαλε μια συμφωνία για την καταβολή μεγάλου ποσού σε χρυσό και ασήμι ως λύτρα. Παρά την εκπλήρωση της συμφωνίας από τον Atahualpa, οι Ισπανοί, με τη δικαιολογία της κατηγορίας περί συνωμοσίας και δολοφονίας του αδελφού του, εκτέλεσαν τον ηγεμόνα των Ινκας στις 29 Αυγούστου 1533.
Η κατάκτηση συνεχίστηκε με την ίδρυση της πόλης Λίμα στις 6 Ιανουαρίου 1535 και την κατάληψη του Κούσκο στις 15 Νοεμβρίου 1533. Το Κούσκο, η πρωτεύουσα των Ινκας, αποτέλεσε το τελικό σύμβολο της ισπανικής κυριαρχίας στην περιοχή και της ολοκλήρωσης της κατάκτησης του Περού.
