Οι Σχολικές Μονάδες Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης, τα ΠΕ.Κ.Ε.Σ. και τα Κ.Ε.Σ.Υ., μεταξύ άλλων, θα ελέγχονται από τη Γενική Διεύθυνση Δημοσιονομικών Ελέγχων (Γ.Δ.Δ.Ε.) του Υπουργείου Οικονομικών, καθότι εμπίπτουν στο πεδίο εφαρμογής του ν. 3492/2006. p>Με την υπ αριθμ. 2/20491/ΔΣΜΕΚ, ΦΕΚ B 902 - 15.03.2019, Απόφαση των Υπουργών Παιδείας και Οικονομικών, καθορίσθηκαν οι φορείς αρμοδιότητας Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων, οι οποίοι εμπίπτουν στο πεδίο εφαρμογής του ν. 3492/2006* και τους οποίους αφορούν τα συστήματα διαχείρισης και ελέγχου, οι έλεγχοι και τα διοικητικά μέτρα και κυρώσεις που αναφέρονται στον εν λόγω νόμο.
Οι φορείς θα ελέγχονται από τη Γενική Διεύθυνση Δημοσιονομικών Ελέγχων (Γ.Δ.Δ.Ε.) του Υπουργείου Οικονομικών και είναι οι ακόλουθοι:
Α. Κεντρική Υπηρεσία- Γενικές Γραμματείες- Ειδικές Γραμματείες-Διοικητικοί τομείς - Ειδικές Υπηρεσίες
Β. Αυτοτελείς δημόσιες υπηρεσίες
1. Γενικά Αρχεία του Κράτους
1.1 Περιφερειακές Υπηρεσίες (64)
2. Ίδρυμα Κρατικών Υποτροφιών (Ι.Κ.Υ.)
3. Μουφτείες Θράκης
4. Ανώτατες Εκκλησιαστικές Ακαδημίες
Γ. Περιφερειακές υπηρεσίες - Ειδικές Περιφερειακές Υπηρεσίες
1. Περιφερειακές Διευθύνσεις Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης (περιλαμβάνονται τα ΠΕ.Κ.Ε.Σ., τα Κ.Ε.Σ.Υ. και το Γραφείο Μειονοτικής Εκπαίδευσης που λειτουργεί στην Περιφερειακή Διεύθυνση Εκπαίδευσης Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης).
2. Διευθύνσεις Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης
3. Σχολικές Μονάδες Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης
4. Κέντρα Εκπαίδευσης για την Αειφορία (Κ.Ε.Α.)
5. Εργαστηριακά Κέντρα Φυσικών Επιστημών (Ε.Κ.Φ.Ε.)
6. Εργαστηριακά Κέντρα (Ε.Κ.)
7. Μουσουλμανικά Ιεροσπουδαστήρια Θράκης (Κομοτηνής και Ξάνθης)
8. Σχολεία Εκκλησιαστικής Εκπαίδευσης
9. Σχολείο Ευρωπαϊκής Παιδείας Ηρακλείου
Ακολουθούν Νομικά Πρόσωπα Δημοσίου Δικαίου.
