Σύμφωνα με βάση τον πίνακα αξιολόγησης του ολλανδικού πανεπιστημίου Leiden το Πανεπιστήμιο της Κρήτης είναι το "κορυφαίο" ίδρυμα στην Ελλάδα.
Στην ελληνική κατάταξη ακολουθεί το Πανεπιστήμιο των Ιωαννίνων και έπονται το Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο, το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, το Πανεπιστήμιο Αθηνών και το Πανεπιστήμιο Πάτρας.
Σε 750 ιδρύματα που αξιολογήθηκαν, το Πανεπιστήμιο της Κρήτης καταλαμβάνει την 333η θέση, το Ιωαννίνων την 450ή, το ΕΜΠ την 454η, το ΑΠΘ την 506η, το ΕΚΠΑ την 548η και το Πανεπιστήμιο της Πάτρας την 588η.
Πρώτο στην παγκόσμια κατάταξη είναι το αμερικανικό Πανεπιστήμιο Ροκφέλερ, ενώ είναι χαρακτηριστικό ότι στην πρώτη δεκάδα κυριαρχούν απολύτως τα ανώτατα εκπαιδευτικά ιδρύματα των Ηνωμένων Πολιτειών (MIT, Χάρβαρντ, Μπέρκλεϊ, Στάνφορντ, Τεχνολογικό Ινστιτούτο Καλιφόρνιας, Πρίνστον, Σάντα Μπάρμπαρα, Σαν Φρανσίσκο και Γιέιλ).
Κορυφαίο ίδρυμα στην Ευρώπη είναι το Πανεπιστήμιο του Κέιμπριτζ, ενώ ακολουθεί η Πολυτεχνική Σχολή της Λοζάνης.
Στην ευρωπαϊκή κατάταξη (288 πανεπιστήμια), το πανεπιστήμιο της Κρήτης καταλαμβάνει την 150η θέση.
