Για το ζήτημα που έχει προκύψει σχετικά με τις δηλώσεις του για τον ρόλο της εκκλησίας στη χούντα και στην κατοχή, αλλά και για τις αντιδράσεις σχετικά με τις αλλαγές στο μάθημα των Θρησκευτικών απαντά ο υπουργός Παιδείας, Νίκος Φίλης.
Συγκεκριμένα, στη σχετική του δήλωση αναφέρει:
"Αναφέρθηκα σε δύο σκοτεινές περιόδους της ελληνικής ιστορίας, την Κατοχή και τη χούντα, και στον αρνητικό ρόλο που διαδραμάτισαν κορυφαίοι παράγοντες της επίσημης Εκκλησίας.
Τα γεγονότα έχουν καταγραφεί, στην ιστορία και τη λαϊκή συνείδηση. Δεν χρειάζεται να αναλωθούμε σε μια ιδεολογική αντιπαράθεση για το παρελθόν. Το ζητούμενο είναι να βρούμε σημεία συνεννόησης για να βγει η χώρα από την κρίση, να βελτιωθεί στο σύνολό της η εκπαίδευση και να αναμορφωθεί το μάθημα των Θρησκευτικών, ανταποκρινόμενο στις σύγχρονες κοινωνικές και παιδαγωγικές προκλήσεις. Χωρίς κινήσεις αντιπερισπασμού, που ενισχύουν τον αναχρονισμό.
Το Υπουργείο Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων βλέπει μπροστά, προσηλωμένο στις αξίες της σύγχρονης, ανεξίθρησκης ανοικτής και δημοκρατικής παιδείας."
