Alfavita Ο Κώστας Φωτάκης ορίστηκε Αναπληρωτής Υπουργός Έρευνας και Καινοτομίας τον Ιανουάριο του 2015. Από το 2011 ήταν Πρόεδρος του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας (ΙΤΕ). Επίσης έχει υπηρετήσει ως Διευθυντής του Ινστιτούτου Ηλεκτρονικής Δομής και Λέιζερ (ΙΗΔΛ) του ΙΤΕ (1997-2013). Είναι Καθηγητής Φυσικής του Πανεπιστημίου Κρήτης. Επίσης, εκτέλεσε χρέη Συντονιστή της Συνόδου των Προέδρων των Ερευνητικών Κέντρων από τον Ιούλιο του2012 έως τον Δεκέμβριο του 2013.
Από το 1990, διευθύνει την Ευρωπαϊκή Εγκατάσταση Λέιζερ που λειτουργεί στο ΙΤΕ και περιλαμβάνει 26 επιλεγμένα Εργαστήρια Λέιζερ από χώρες-μέλη της ΕΕ. Έχει διατελέσει Πρόεδρος του Επιστημονικού Συμβουλίου του ΕΚΕΦΕ «Δημόκριτος» (1994-97) και μέλος Εθνικών και Ευρωπαϊκών Επιτροπών εμπειρογνωμόνων για θέματα επιστημονικής πολιτικής όπως το EuropeanStrategyForumforResearchInfrastructures (ESFRI). Από το 2010 συμμετέχει στην Ομάδα της Ευρωπαϊκής Ένωσης (highlevelgroupofexperts) που αξιολογεί συνολικά το Πρόγραμμα Πλαίσιο για Έρευνα και Τεχνολογία και διαμορφώνει τις προτεραιότητες για την Ευρώπη του 2020. Επίσης είναι Πρόεδρος στη Συμβουλευτική Ομάδα (AdvisoryGroup) της Ευρωπαϊκής Ένωσης σχετικά με τις Ερευνητικές Υποδομές και έχει προεδρεύσει στην Ομάδα Ειδικών (ExpertsGroup) για τον προσδιορισμό του ρόλου των Πανεπιστημίων και Ερευνητικών Οργανισμών στην στρατηγική της «Έξυπνης Εξειδίκευσης» για την Περιφερειακή Ανάπτυξη.
Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα εμπίπτουν στους τομείς της Φωτονικής (Photonics) και Φασματοσκοπίας Λέιζερ, με έμφαση στις εφαρμογές Λέιζερ για την κατεργασία και διάγνωση υλικών. Έχει διοργανώσει ή συνδιοργανώσει πολλά διεθνή επιστημονικά συνέδρια και είναι μέλος πολλών διεθνών επιστημονικών επιτροπών συνεδρίων. Έχει περισσότερες από 300 δημοσιεύσεις και περισσότερες από 7000 αναφορές, κυρίως στον τομέα της Φωτονικής και σχετικών εφαρμογών. Είναι εκδότης ή μετέχει στην εκδοτική ομάδα διαφόρων διεθνών επιστημονικών περιοδικών και είναι συ-συγγραφέας ή συν-εκδότης τεσσάρων επιστημονικών βιβλίων παγκόσμιας κυκλοφορίας.
Το 2004 έλαβε το «Βραβείο Ηγεσίας» (“LeadershipAward”) της Αμερικανικής Εταιρείας Οπτικής (OpticalSocietyofAmerica – OSA) «..για δεκαετή ηγετικό ρόλο, και προσωπική ερευνητική συμβολή στον τομέα των εφαρμογών λέιζερ στη συντήρηση έργων τέχνης και για τον ηγετικό του ρόλο στην καθιέρωση και καθοδήγηση της επιστημονικής αριστείας στα προγράμματα επιστήμης των λέιζερ στο ΙΗΔΛ-ΙΤΕ». Το 2005-6 επελέγη ως SpringerProfessor στο Πανεπιστήμιο Καλιφόρνιας, Μπέρκλεϋ. Έχει επίσης εκλεγεί ως ισόβιο μέλος και Fellow της OSA και έχει διατελέσει μέλος της Επιτροπής Επιλογής των Fellows της Ευρωπαϊκής Εταιρείας Οπτικής (EuropeanOpticalSociety – EOS). Το 2010 έγινε Επίτιμος Διδάκτωρ του Πανεπιστημίου της Μασσαλίας.
